فرد با اختلال هویت جنسی خود را از گروه جنس مخالف می‌داند؛ به درجه‌ای که به طور مثال بعضا مردی تصور می‌کند که زن بوده و به اشتباه در قالب بدنی مرد متولد شده است. این اختلال با "مبدل‌پوشی جنسی" که صرفا برای جلب توجه جنسی و یا لذت جنسی است متفاوت است.

اختلال هویت جنسی در مردان با رقم یک نفر از میان 11900 نفر، شایع‌تر از زنان با رقم یک نفر از میان 30400 نفر است . این اختلال در اوایل دوران کودکی بروز می‌کند اما اغلب افراد بعد از بلوغ، خودشان آن را کشف می‌کنند.

ویژگی‌های این اختلال در پسران تمایل آنها برای بازی‌های دخترانه است چنانکه تمایلی به بازی‌های سخت و مسابقات پسرانه ندارند و بیشتر همبازی‌های آنان دخترانند و در بازی نقش مادر، دختر خانواده و ... را می‌پذیرند.

در دختران هم تمایلات متضاد آنچه گفته شد تظاهر می‌کند. دختران از پیدایش علائم بلوغ شرمنده می‌شوند و در صدد پنهان کردن آنها هستند. تشخیص این اختلال توسط متخصصان بهداشت روانی با گرفتن تاریخچه مفصل از فرد و خانواده وی صورت می گیرد و هیچگونه تست آزمایشگاهی برای تشخیص وجود ندارد.

"من اشتباها مرد/زن شده‌ام" و یا "از بدن و اندام‌های خود متنفرم" از جملات شایعی است که در شکایات این افراد شنیده می شود. این افراد غالبا با مشکلاتی در مدرسه، محل کار و در داخل خانواده روبرو هستند.

درمان این افراد بیشتر روان‌درمانی است و درمان در بدو تشخیص ممکن است رفتارهای جنسی فرد را در بزرگ‌سالی تعدیل کند. تأکید درمان ابتدا در کمک به فرد است تا در قالب جنسیت بیولوژیک خود رفتار کند.

این اختلال جنسی هم مانند دیگر مشکلات جنسی قویا از ساختار فرهنگی جامعه متأثر است و بدین دلیل بعضا تشخیص به تعویق افتاده و درمان را سخت‌تر می‌کند، درمان‌های نوین شناختی-رفتاری توصیه می‌شود تا قدرت سازش و تطابق افراد با شرایط موجودشان را تقویت کند.

هورمون درمانی و جراحی از دیگر درمان‌هاست. مشاوره تخصصی و دقیق قبل از انتخاب هر گونه درمان توصیه می‌شود.

برخورد با این اختلال نیز از فرهنگی به فرهنگ دیگر متفاوت است. در فرهنگ‌هایی که نگرش منفی و محدودکننده نسبت به این مشکل وجود دارد معمولا تشخیص بروز و شیوع اختلال سخت‌تر است.

اما باید توجه کنیم که این افراد گناهکار نیستند بلکه از یک مشکل جنسی رنج می‌برند و اغلب این رنج را ما افراد جامعه با قضاوت‌های غیرمنصفانه به آنها تحمیل می‌کنیم که باعث می‌شود این افراد خود را از جامعه طردشده ببینند.

مهم‌ترین عارضه این بینش عدم دسترسی ما به این قشر از جامعه است؛ بطوریکه کمک به آنها را سخت و گاه غیرممکن می سازد. دقت کنیم که این قشر از شهروندان را از حقوق انسانی و شهروندی‌شان محروم نکنیم!